Артур, по кол-ву сообщений в теме: Я как на различных тестах понял, что файлы размером менее 200-300 Кб. обрабатываются допустимо по времени, больший размер приводит к проблемам. Пример этого форума:
1. Тема: "Позор и.". Размер файла 45Кб. Кол-во сообщений 81.
2. Тема: "midav portal". Размер файла 33Кб. Кол-во сообщений 102.
3. Тема "v1.7". Размер 29Кб. Кол-во сообщений 69.
Как видно всё работает. В 1.8 версии я уже реализовал обработки "закрытых тем" и "закрытых разделов" (имеется ввиду запрет на создание темы/ответ в теме). По умолчанию выставляю 200 сообщений и 100 тем в рубрике. Вот это и будет допустимы для нормальной работы пример. 
Насчёт MySQL считаю что если я начну делать скрипта на этой БД то к файлам я могу уже и не вернуться. А это большой минус. 